Autor: Orlando Naula

Está compuesta por dos franjas rectangulares iguales y de un triángulo isósceles que parte del asta y se extiende hasta la línea de unión de las franjas horizontales, con una estrella blanca de cinco puntas en el centro.

El color amarillo representa la riqueza cantonal; el rojo, la sangre que derramaron y están dispuestos a derramar los huaquillenses en defensa del patrimonio territorial ecuatoriano.

En el azul celeste del triángulo se simboliza el azul cielo y el color de las aguas del mar que baña las costas cantonales.